药学院建院于2006年，现有药学、中药学、药物分析、临床药学、中药制药、化妆品科学与技术6个本科招生专业。学院与东莞理工学院积极探索医工交叉学科复合型人才培养，培养适应社会发展需求的新型学科交叉型人才。成功申报了广东省首批联合学士学位联合培养项目：“药学+材料科学与工程”、“药学+应用化学”（学生毕业授予理学和工学联合学士学位）。并于2023年首届招生，实现了“一次录取，读两个大学；学一个专业，获联合学位”的复合型优质人才的培养计划。

学院药学专业开办于2004年，是广东省一流本科专业建设点和重点专业，临床药学专业是广东省高校特色专业。药学学科是广东省高水平大学重点建设学科、广东省优势重点学科、珠江学者设岗学科。有药学一级学科硕士学位和药学硕士专业学位授权资格。临床药理学挂靠临床医学专业招收博士研究生。设药学、化学、药物分析、临床药学、中药学五个系和一个实验教学中心。2020年，药理学与毒理学进入ESI全球排名前1%；2023年，化学学科进入ESI全球排名前1%。 学院有专任教师82人，正高职称20人、副高职称35人，副高以上职称教师占专任教师总人数67.07%。具有博士学位的教师70人，占专任教师总人数85.37%。学院有国家杰青和广东省杰青各1人，“千百十人才培养工程”省级培养对象1人，广东省“扬帆计划”高层次人才项目2人，广东省高等学校优秀青年教师5人。

学院与英国哈德斯菲尔德大学等高校有本科生培养合作项目。先后与国内大型医药企业、大型综合医院、知名研究机构、药品检验所合作建立了教学实习、就业合作关系。重点向药品及化妆品研发、生产、检验、流通及临床药学等领域培养创新型及实用型人才。近年来毕业生就业率均超过98%，毕业生覆盖全省、辐射全国、涉足国外。目前，学院全体教职员工本着开放、务实、创新、高效的人文精神，以“懂药懂医，中西融通，善和有为”为办学宗旨，不断深化教学改革，培养出具有人文情怀、专业素质好、实践技能强、具备创新创业能力、人民满意的专门人才。

学院毕业生主要就业单位有东莞市中西医结合医院、国药控股广州有限公司、国药集团冯了性（佛山）药业有限公司、中山市陈星海医院有限公司、中山市小榄人民医院、深圳市东阳光实业发展有限公司、广东省华微检测股份有限公司、信达生物制药（苏州）有限公司、广州市联瑞制药有限公司、广东一方制药有限公司、深圳立健药业有限公司、国药集团广东环球制药有限公司、广州国标检验检测有限公司、广州市微生物研究所有限公司等。

学院毕业生主要深造院校有中国药科大学、厦门大学、上海交通大学、华南理工大学、南方医科大学、南京医科大学、汕头大学、暨南大学、广东医科大学、广东药科大学、温州医科大学、广西医科大学、广州医科大学等。