第二临床医学院位于广东医科大学东莞校区，设有临床医学、口腔医学、康复治疗学、口腔医学技术、康复物理治疗五个专业。其中临床医学专业是“全国高等学校特色专业建设点”、“广东省名牌专业”、“广东省高校重点专业”、“广东省应用型人才示范专业”、“广东省高等学校特色专业建设点”、一级学科硕士点和博士点，面向全国招收硕士、博士研究生。临床医学学科排名进入ESI全球3‰，2016年临床医学学科获得广东省“攀峰”重点学科，2019年临床医学专业入选国家一流本科专业建设点，临床医学专业通过教育部专业认证,有效期为6年。2021年列入广东省高水平大学重点建设学科。2023年获批临床医学博士后科研流动站。2021年口腔医学专业、康复治疗学专业入选广东省一流本科专业建设点。目前在校学生3300多人。

学院设有2个系、23个教研室、1个临床技能培训中心、1个科研平台和1个口腔医学3D打印技术重点实验室，主要有口腔医学系、康复医学系、内科学与诊断学教研室、外科学教研室、妇产科学教研室、儿科学教研室、神经病与精神病学教研室、放射与超声诊断学教研室等。临床技能培训中心规模大、设备齐全、特色明显。学校现有5所直属附属医院，7所非直属附属医院，11所非直属临床医学院，6所企业教学基地，合作教学机构遍布我省各地，形成了良好的校院、校企协同育人机制。学院秉承“立志立德、求真求精”的校训，弘扬“医德与医术相长，人文与科学并重”的专业理念，坚持“临床实践能力培养5年（4年）不断线，人文素质教育5年（4年）不断线，创新创业能力培养5年（4年）不断线”的培养特色，着力培养基础知识扎实、临床实践能力强、人文素养高、具有创新意识的应用型医学人才。毕业生以良好的人文素质、扎实的理论基础和熟练的临床技能深受用人单位的欢迎，就业率均在95%以上，大部分毕业生在珠三角地区就业。学院学风敦厚，学生考研升学率逐年提升，2024年临床医学专业学生上线率80.44%,录取率72.94%，总体升学率56.34%，不少学生被国内知名双一流大学录取。

毕业生毕业后主要在珠三角地区三级综合性医院、专科医院及医学院校、疾病预防控制中心、卫生监督所、医学科研部门和其他医药相关部门等从事临床医疗、预防保健、医学教育、医学研究工作。毕业生主要深造院校有北京协和医学院、上海交大、浙江大学、复旦大学、中山大学、香港理工大学、四川大学、南方医科大学、暨南大学、广州医科大学、广东医科大学、北京体育大学等等。