基础医学院下属3个系（法医学系、生物技术系和病理学系）、9个教研室（生物化学与分子生物学、生理学、生物学、人体解剖学、组织学与胚胎学、微生物与免疫学、人体寄生虫学、病理学、病理生理学）和2个综合性实验室（生理科学、病原生物学）。学院设有法医学和生物技术2个本科专业。学院有生物学和基础医学2个一级学科硕士点，有省级特色重点学科2个、珠江学者设岗学科2个、广东省“冲补强”提升计划重点建设学科1个、厅级重点实验室1个，还有省级实验教学示范中心3个、省级教学团队1个、省级精品课程7门。

学院师资力量雄厚，现有专任教师123人，高级职称教师占57.7%， 51.2%的教师具有博士学位；有博士生导师6人、硕士生导师59人、有南粤优秀教师4人、省优秀青年教师1人、省“扬帆计划”项目获得者4人、“千百十工程”省级培养对象7人、省级教学名师1人。学院有多个“本科生科研工作站”，有多个本科生科研小组在教师指导下发表了高水平的学术论文（SCI收录）。

近年来，学院获得各级各类教学和科研项目150多项，发表SCI收录论文110多篇、教研论文70多篇，主编和参编教材40多部。

法医学专业创办于2003年，至今已连续招收17届学生。该专业在省内、外11个地市级公安局建有稳定的法医学临案实习基地。广东医科大学司法鉴定中心是依托法医学系开办的、通过CNAS实验室认可的司法鉴定机构，承担法医学系专业课的见习、实习和对外司法鉴定服务职能。法医学专业毕业生就业前景良好，近年来就业率均在90%以上，近三届毕业生进入公安系统的比例均超过40%。

生物技术专业主要依托我院生物学一级学科的师资力量，注重生物技术与基础医学相结合，培养“厚基础、宽口径、强技能、重创新”的生物技术高级专门人才。每年通过开展卓越型人才培育计划、举办生物技术实验设计大赛和大学生学术沙龙等，加强学生与老师之间的联系和互动，提高学生的实践技能和专业素养，培养学生创新意识和科研思维。学生主要在东莞、深圳和广州等地的生物技术企业和研究所进行见习和实习，就业前景广阔。